대학에서 기술이전업무가 시작된 이래 가장 많은 질문과 해석이 오고 간 문제입니다. 초창기 직무발명에 대한 보상금으로 발명자가 받게 되는 기타소득이 비과세냐 아니냐의 문제부터 등록특허와 등록특허 이외의 기술이전인 경우에 대한 과세의 차이, 산학협력단이 설립된 이후에는 교수가 산학협력단의 종업원이냐 아니냐 등 세금 문제는 계속 대두되어 왔습니다. 비과세 여부를 판단하기 위해서는 먼저 『소득세법(12조)』와 그 『시행령(18조)』을 찾아봐야 합니다.

[『소득세법』: 제12조 (비과세 소득)]

제12조 (비과세소득) 다음 각 호의 소득에 대하여는 소득세를 과세하지 아니한다.
5. 기타소득 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 소득 라. 종업원의 직무와 관련된 우수발명으로서 대통령령으로 정하는 것에 대하여 지급되는 다음의 보상금
① 종업원이『발명진흥법』제15조에 따라 사용자로부터 받는 보상금
② 대학의 교직원이 소속 대학에 설치된『산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률』에 따른 산학협력단으로부터 같은 법 제32조에 따라 받는 보상금

[『소득세법 시행령』: 제18조 (비과세되는 기타소득의 범위)]

제18조 (비과세되는 기타소득의 범위)
②법 제12조제5호 라목에서 “대통령령으로 정하는 것”이란『발명진흥법』에 따른 직무발명을 말한다.

『소득세법』과 그『시행령』에서 비과세되는 기타소득의 종류에『발명진흥법』에 따른 직무발명 중 종업원의 우수발명에 대한 보상금은 비과세라고 되어 있으며, 산학협력단이 이와 관련하여 교직원에게 지급하는 보상금 또한 비과세라고 명시하였습니다.『발명진흥법』은 발명의 종류에 특허, 실용신안, 디자인으로 한정하고 있습니다. 따라서 산학협력단이 교직원의 특허, 실용신안, 디자인의 직무발명에 대해 지급하는 보상금은 비과세라 할 수 있습니다.

다만 여기서 우수발명을 어떻게 해석해야 하는지가 남아 있습니다. 이와 관련하여 출원 중인 특허의 보상금에 대한 비과세 여부를 묻는 질의가 있었고 그에 대한 답변으로 고시된『재경부 예규』를 보면 다음과 같습니다.

종업원 등의 직무와 관련한 발명 등이 특허 출원중이거나 출원심사결과 특허 등록되지 않은 경우에, 사용자 등이 동 직무관련발명 등과 관련하여 종업원 등에게 지급한 보상금은 소득세법 제12조 제5호 라목의 비과세되는 기타소득에 해당하지 않음 (2002.12.30일자 재소득 46073-181)

『소득세법』과 그『시행령』,『발명진흥법』과『재경부 예규』를 종합해 볼 때, 현재 명확하게 비과세 할 수 있는 기타소득은 대학의 교직원이 직무발명을 하였고, 그 발명을 특허, 실용신안, 디자인으로 등록된 경우에 한정됩니다. 따라서 출원하고 등록되지 않았거나 아예 출원하지 않은 노하우 등에 대한 보상금은 과세해야 한다는 것이 재경부의 입장입니다.

최근 기술이전 흐름을 보면 출원 중인 특허의 기술이전이 활발하게 일어나고 그에 따른 보상금 지급이 발생하고 있습니다. 출원 중에 지급하는 보상금은 과세하고, 등록이후에는 비과세해야 한다는 현재의 방식은 불합리하기 때문에 실무자로서는 고민이 아닐 수 없습니다. 일부 대학에서는 이런 경우, 출원 중인 특허에 대해 우선심사를 청구하여 빠른 시일 내에 등록케 하고, 등록 이후 보상금을 지급하여 보상금 전액을 비과세 처리 하고 있습니다.

사실 종업원의 우수한 발명을 등록 특허로 한정시킨 『재경부 예규』는 무리가 있습니다. 발명은 발명한 때부터 발명으로 인정해야 하며, 백번 양보한다 하더라도 특허, 실용신안, 디자인으로 출원한 경우에는 명확히 비과세 처리되어야 한다는 것이 TLO의 입장입니다. 이 문제에 대해서는 향후에도 지속적으로 재경부에 건의하여 수정하여야 할 것입니다.

이러한 논란을 없애고, 대학의 산학협력 정책을 장려하여 국가 기술경쟁력을 강화하기 위해서는『소득세법』제12조의 라목 ②호를 마목으로 이동하여 대학의 교직원이 산학협력단으로 부터 받는 전체 보상금에 대해 비과세한다면 더욱 좋을 것입니다.