『부가가치세법』에서 과세대상을 재화, 용역의 공급, 재화의 수입으로 정의하고 있습니다.

[『부가가치세법』: 제1조(과세대상)]

제1조(과세대상)
① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다. 1. 재화 또는 용역의 공급 2. 재화의 수입

기술료가 재화 또는 용역의 공급에 해당된다고 보았을 때, 부가세 면세에 해당하는 조목이 따로 있습니다.

[『부가세법』: 제12조(면세)]
제12조 (면세) ① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 16. 종교, 자선, 학술, 구호 기타 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것.
또한 대통령령이 정하는 것은『부가가치세법』시행령 제37조에 자세하게 나와 있습니다.

[『부가가치세법』 : 시행령 제37조]

제37조 종교, 자선, 학술, 구호 단체등이 공급하는 재화의 범위
법 제 12조 제 1항 제 16호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 다음 각 호의 것을 말한다(2008.2.22 개정) 1의 2. 학술연구단체 또는 기술연구단체가 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 재화 및 용역(『산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률』에 따라 설립된 산학협력단이 제공하는 연구용역의 경우에는 2008년 12월 31일까지 제공하는 것에 한한다) (2006. 2. 9 신설)

그렇다면 기술이전이 산학협력단이 제공하는 연구용역으로 볼 것인가 아니면 일반적인 재화의 공급으로 볼 것인가에 대한 의문이 생깁니다. 대부분의 사립대학은 재화의 공급으로 판단하여 부가세 면세를 하고 있지 않습니다. 다만 일부 국립대학의 경우 연구용역의 형태로 판단하여 부가세 면세를 하고 있는 경우도 있습니다.

일반대학회계에 익숙해져 있어 기업회계를 준용하는 산학협력단의 회계처리에 혼란이 있을 수도 있습니다만, 각 대학의 현실에 맞게 면세가 유리한지 아닌지에 대한 판단을 해야 합니다. 부가세는 전부 납부하는 것이 아니라 매입 세금계산서의 부가세만큼 환급받을 수 있습니다.

추가적으로『부가가치세법』시행령 37조에도 나와 있듯이 산학협력단의 부가세 면세의 기간이 2008년 12월 31일까지입니다. 기술료 수입뿐만 아니라 많은 대학들이 수행하고 있는 산학협력연구과제의 경우도 현재 면세처리를 할 수 있는 근거가 있지만 한시적 조항(2008년 12월 31일)이 연장되지 않는 한 모든 과제에 대하여 세금계산서를 교부해야 할 것입니다. 미리 준비하여 산학협력단의 혼란의 최소화하고 또한 부가가치세를 잘 활용하여 산학협력단의 재정에도 도움이 될 수 있는 방법을 고민하는 것도 기술이전 전담자로서의 역할이기도 합니다.